A joghurt lakto-baktériumok jelenlétében fermentálódott tej. Enyhébb hatású, ezért csekélyebb méregtelenedési (die-off) reakciókat eredményez, mint a kefir – ezért javasolt a joghurt fogyasztása már a Bevezető Diéta 1. Szakaszában is (kicsi adagokkal kezdve, fokozatosan növelve a mennyiséget).

A kefir a jótékony baktériumok mellett jótékony gombákat is tartalmaz. A GAPS páciensek többségének testében patogén gombafajok szaporodtak túl. Annak érdekében, hogy ezeket a patogéneket „kivezessük” a szervezetből, jótékony gombákat kell juttatnunk helyettük az emésztőrendszerbe. Az egészséges bélflóra jelentős mennyiségű jótékony gombát tartalmaz, ezek visszaszaporodását segíti elő a kefir fogyasztása. Mivel azonban a kefir az említett patogén gombafajokkal szemben hat, az étrendbe vezetése a joghurtnál jóval súlyosabb, agresszívebb méregtelenedési reakciókhoz vezethet – különösen azoknál, akiknek az emésztőrendszerében súlyos gombás túlszaporodás van.

Ezért javasolt előbb fokozatosan bevezetni a joghurtot lassan eljutva napi egy csészényi elfogyasztásáig, s csak ekkor indítani a kefirrel. Ebből a joghurthoz kezdetben naponta csak egy teáskanállal keverjünk néhány napon át, majd emeljük napi két kanál kefirre az adagot, s ismét csak néhány nap után növeljük tovább a mennyiséget.

Ha a joghurt vagy a kefir már a bevezetéskor súlyos reakciókat okozna, akkor érdemes a savó fogyasztásával indítani a fermentált tejtermékek bevezetését, mert a savó jóval kevesebb fehérjét tartalmaz, s ezért még könnyebben tolerálható. A savó el fogja indítani a bélfal regenerálódási folyamatát, és előkészíti a „terepet” a joghurt és a kefir bevezetésére.